Au sein de l'Institut, le département d'Anatomie Pathologique prend une part active à toutes les réunions de concertation pluridisciplinaire, notamment dans tous les départements cliniques à forte orientation carcinologique tels que le digestif, l'urologie, le thoracique, le département mère-enfant.
Ces réunions de concertation, hebdomadaires, permettent de décider du meilleur traitement possible des patients soignés à l'Institut, souvent en collaboration avec des partenaires médicaux de centre anti-cancer ou d'hôpitaux de l'Assistance Publique de Paris.
Le département est responsable de la gestion de la tumorothèque propre à l'Institut reconnue officiellement par le Ministère de la Santé dans le cadre du programme de soutien des banques hospitalières de cellules et de tissus tumoraux cryo-préservés.
Le recueil et le stockage des échantillons ont récemment été élargis à d'autres structures hospitalières participant au plan cancer, les fragments de tissu congelé étant conservés à très basse température (- 80 °C) au sein du département. Cet archivage, à visée thérapeutique ou de recherche, a permis, à l'instigation de l'Institut National du Cancer, de créer un réseau entre divers établissements de soins traitant des patients atteints de cancer sur une même zone géographique et d'accéder aux facilités de la tumorothèque de l'IMM déjà reconnue.
L'importance du recrutement de l'Institut et l'existence de cette tumorothèque en réseau permettent de multiples collaborations à visée thérapeutique ou de recherche notamment en cancérologie digestive, urologique, thoracique et gynécologique avec plusieurs unités INSERM, du CNRS, de la faculté de pharmacie et de l'Ecole Polytechnique.
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